Государственная аптечная служба в Минске стала формироваться в августе 1920г. после национализации аптечного дела. В то время в столице функционировало только одних 13 внебольничных аптек, не считая аптекарских магазинов и других аптечных учреждений.

15 мая 1922г. при Минском горисполкоме организовано управление аптеками со штатом 5 человек для координации деятельности аптек, а в  1924г. оно приобрело статус Минского окружного управления аптеками.

Во второй половине 1930г. аптечная сеть столицы вошла в структуру Белаптекоуправления, а в сентябре 1938г. в состав Минского областного отделения Главного аптечного управления Наркомздрава БССР.

В 1957г. аптечная сеть г. Минска передана в непосредственное подчинение ГАПУ Министерства здравоохранения БССР.

С 1 января 1974г. организовано аптечное управление Минского городского Совета депутатов трудящихся, в структуру которого были переданы ГАПУ МЗ БССР 51 аптека (с 34 аптечными киосками и 10 аптечными пунктами), 2 аптекарские магазины и центральный аптечный склад г. Минска.

С 1 марта 1989г. создано Белорусское республиканское производственное объединение «Фармация», куда вошла аптечная служба столицы.

В начале 1997г. БелРПО «Фармация» преобразовано в Белорусское Республиканское производственное предприятие «Фармация», которое в 2000г. зарегистрировано под названием: Торгово-производственное Республиканское унитарное предприятие «БЕЛФАРМАЦИЯ».

РУП «БЕЛФАРМАЦИЯ» сегодня – это динамично развивающееся предприятие, включающее 150 аптек, аптечный склад, городскую аптечную справочную службу. Все структурные подразделения предприятия имеют хорошую материально-техническую базу, оснащены информационными средствами на базе компьютерных систем. По состоянию на 1 января 2012г. общая списочная численность работающих составила 1569 человек, из них 976 с фармацевтическим образованием.